《国家职业资格目录》明确监理工程师由水利部、住房城乡建设部、交通运输部、人社部联合实施。2008年3月28日，国务院发布《国务院对确需保留的行政审批项目设定行政许可的决定》（中华人民共和国国务院令第412号）规定：“水利工程建设监理单位资格认定”的实施机关为水利部。由住房城乡建设部单方许可的水利水电专业监理工程师，水利行业不予认可。